《主人竟是教授》講述了一個發生在現代都市校園的校園戀愛故事。小說的主線圍繞著女主角林雨晴和她的導師，教授蘇晨之間的愛恨糾葛。林雨晴是一名活潑開朗的大學生，在學業上一直表現出色，但在感情方面顯得有些稚嫩。蘇晨則是一位年輕有為的教授，才華橫溢但性格內斂，因而在學生中享有極高的威望。
故事從一次偶然的課后輔導開始。林雨晴在遇到學業上的困惑時，鼓起勇氣向教授請教。蘇晨耐心地對待每一個問題，細致的講解讓林雨晴感到前所未有的溫暖。隨著時間的推移，兩人逐漸熟絡，教授的溫柔和幽默讓林雨晴對他產生了依賴和傾慕。
然而，林雨晴在課堂上表現得越來越突出，這也引起了其他同學的嫉妒與誤解。有不少流言蜚語在校園中傳播，指責林雨晴與蘇晨關系不當。面對這些壓力，林雨晴感到委屈，也開始懷疑自己的感情是否純粹。與此同時，蘇晨作為教師，面臨職業道德的困擾，對林雨晴的情感也不得不小心翼翼。
一次學期末的聚會上，林雨晴喝醉了酒，情緒激動地向蘇晨傾訴自己的感受。她直言自己對他的不舍與向往，那一刻，蘇晨終于忍不住將心中的情感表露出來。兩人的關系在那一夜突飛猛進，然而，次日清晨，面對真實的世界，兩人都意識到這段感情的復雜性。蘇晨痛苦地選擇了冷淡，而林雨晴則陷入深深的失落。
故事接下來的發展剖析了兩人內心的掙扎與成長。林雨晴逐漸意識到，她需要的不單是愛情，更是自身的獨立。為了擺脫對教授的依賴，她開始更加努力地投入學業和生活，甚至加入了學校的社團，結識了更多的朋友。在此過程中，她逐漸找到了自我價值，變得更加自信。
與此同時，蘇晨也在反思自己的選擇。他意識到，作為一名教師，自己肩負著教育學生的責任，而這份不顧一切的感情可能會影響到他和林雨晴的未來。他努力克制自己，不再過多地出現在林雨晴的生活中，試圖營造出一種距離感，然而他的內心卻始終無法放下對于她的牽掛。
時間流逝，林雨晴和蘇晨在校園中的偶遇成了彼此心頭的一道傷痕。而他們的友誼也在時間的沖刷下變得愈發珍貴。林雨晴開始明白，愛情是值得追求，但只有在雙方都有能力平等地面對時，這段感情才能夠開花結果。
就在林雨晴即將畢業之際，蘇晨被外校邀請去做學術交流，而林雨晴也準備赴外地發展。兩人都明白，這可能是最后一次面對面交談的機會。在一次告別晚會上，林雨晴鼓起勇氣，向蘇晨表達了自己那段時間的成長與感悟，她告訴教授，自己明白了愛與責任的界限，也希望在未來的日子里，能在一條平行線上，相互支持。
蘇晨聽完她的話，眼中閃過一絲欣慰與遺憾。他告訴林雨晴，他們曾經的感情無可厚非，也希望她在未來的生活中，能夠找到真正適合自己的方向。雖然他們的愛情未必能夠開花結果，但雙方都默契地理解，這段經歷將是他們人生中的珍貴回憶。
小說的尾聲，兩人在分別的陽光下相對而立，微笑著揮手告別。雖然未來的路途各自不同，但彼此心中都留存了一份特別的情感，那是一種不會因為距離而消逝的牽掛。他們明白，這段師生情誼并不會隨著時間的流逝而減淡，而是會在各自的人生旅程中，成為永恒的祝福。
《主人竟是教授》通過林雨晴和蘇晨之間的情感歷程，探討了師生之間超越愛情的深厚羈絆，以及在事業與情感之間，年輕人所面臨的抉擇與成長。這不僅僅是一個關于愛情的故事，更是一段關于自我成長的心靈旅程。